新疆农业大学审计处成立于1990年10月，前身为“新疆八一农学院审计室”。1995年4月21日，经国家教委批准，学校更名为“新疆农业大学”，审计处随即更名为“新疆农业大学审计处”。
       多年来，学校审计处始终遵循“全面审计、突出重点”的方针，坚持“客观需要、被审计单位信服、领导满意”的原则，紧紧围绕学校的工作重心，依法开展审计工作。审计内容由单一的财务收支审计扩展到任期经济责任审计、基建修缮工程预决算审计、专项经费审计。在维护财经法规，规范财务行为，节约资金，提高经济效益，防范经济风险，促进学校各方面健康发展发挥了重要作用。
       至2023年，审计处共有专职审计人员3人，正高级职称1人，中级职称2人。