新疆农业大学审计处成立于1990年10月，前身为“新疆八一农学院审计室”。1995年4月21日，经国家教委批准，学校更名为“新疆农业大学”，审计处随即更名为“新疆农业大学审计处”。

审计处为独立的内部审计机构，在学校党委的领导下，依法依规独立开展对本单位及所属单位财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议，向学校党委报告工作，同时接受国家审计机关和上级部门内部审计机构的指导和检查。

近年来，审计处牢牢把握新时代内部审计工作的发展方向，围绕职能职责，紧扣主责主业，认真履行监督与服务职责，在推动学校高质量发展，维护财经法规，规范财务行为，防范经济风险，促进学校事业发展发挥了重要的作用。